Факультет был основан в 1930 году. Долгое время Ленинградский санитарно-гигиенический институт являлся единственным ВУЗом в нашей стране, специализированным на подготовке санитарных врачей и эпидемиологов. В разные годы на факультете трудились выдающиеся ученые - гигиенисты и эпидемиологи, создатели научных школ и направлений в профилактической медицине: Г.В. Хлопин, З.Г. Френкель, Е.Ц. Андреева-Галанина, В.А. Башенин, З.М. Аграновский, В.А. Рудейко, Г.В. Селюжицкий,  В.В. Семенова, Р.Х Яфаев, В.Г. Маймулов, П.Г. Ромашов. Много других достойнейших имен можно привести, продолжая этот список…

Деканами санитарно-гигиенического, а в последствие медико-профилактического факультета были: Д.Н. Лукашевич, А.С. Грибоедов, Б.М. Штерн, Р.А. Бабаянц, А.Я. Иванов, В.А. Рудейко, Н.В. Волкова, Т.Ф. Соколова, Г.В. Селюжицкий, П.Г. Ромашов, В.С. Эмский, Г.И. Лобов, В.А. Глущенко, Л.П. Зуева.

В настоящее время структура факультета включает 16 кафедр. Подготовку врачей медико-профилактического профиля осуществляют более 400 преподавателей. Обучение проводится в соответствии с федеральным государственным образовательным стандартом.

Качество подготовки обеспечивается: высоким уровнем профессионализма преподавателей, преимущественно профессоров и доцентов кафедр, наличием эффективных базовых центров практической подготовки студентов, возможностью участия в научно-практической работе факультета.