Отдел клинической интернатуры и ординатуры является структурным подразделением Университета и был создан 12 октября 2011 года в результате слияния двух отделов, осуществляющих послевузовскую профессиональную подготовку на базе образовательных учреждений ГОУ ВПО СПбГМА им. И.И. Мечникова и ГОУ ДПО СПбМАПО.

В своей работе отдел руководствуется приказами МЗ СССР № 44 от 20 января 1982 года и МЗ РФ № 23 от 17 февраля 1993 года.